Im Oktober 1941 wurde Dr. Franz Stahlecker, ein Einsatzgruppen Kommandant der baltischen Region, berichtet über Methoden gegen die jüdische Bevölkerung in Litauen:

„Um die Aufgaben der Sicherheitspolizei zu erfüllen, mussten wir zusammen mit den angreifenden Kräften in die großen Städte einreisen… Eine kleine Vorwärtsgruppe, an deren Spitze ich selbst stand, trat am 25. Juni 1941 in Kowno ein.

Die erste Aktion bestand darin, kommunistische Aktivisten und kommunistisches Material zu erfassen. In den ersten Stunden nach dem Eintritt der Streitkräfte überzeugten wir auch lokale antisemitische Elemente, nicht ohne erhebliche Schwierigkeiten, Pogrome gegen Juden zu starten.

In Übereinstimmung mit den Anweisungen war die Sicherheitspolizei entschlossen, die jüdische Frage mit allen Mitteln und mit Entschlossenheit zu lösen. Es war jedoch vorzuziehen, dass zumindest in erster Linie die Sicherheitspolizei nicht offen in diese Aktion einbezogen wurde, da die angewandten Methoden außerordentlich hart waren und selbst in deutschen Kreisen möglicherweise Reaktionen ausgelöst haben. Äußerlich war es wünschenswert zu zeigen, dass die ersten Schritte von der lokalen Bevölkerung von sich aus unternommen wurden, als natürliche Reaktion auf ihre jahrzehntelange Unterwerfung durch die Juden…

Dem Kommandeur der Partisanen, Klimatas, der eigens für diese Aktion rekrutiert worden war, gelang es, ein Pogrom gemäß den Anweisungen zu organisieren, die er von unserer in Kowno aktivierten Vorwärtsabteilung erhalten hatte, ohne dass sich äußerlich herausstellte, dass Anweisungen oder Ermutigungen von gegeben worden waren die Deutschen.

In der ersten Nacht des Pogroms, zwischen dem 25. und 26. Juni, liquidierten die litauischen Partisanen 1,500 Juden, viele Synagogen wurden niedergebrannt oder zerstört und ein jüdisches Viertel mit etwa 60 Häusern niedergebrannt. In der folgenden Nacht wurden auf ähnliche Weise 2,300 Juden getötet. “